1.畜禽糞便的有機污染狀況
畜禽糞便中的有機污染物主要是因為飼料中的添加劑，由于養殖場添加相關物質往往是保密的，抗生素等有機物的投入數量目前尚無法估計。
抗生素類促生長劑大多數在畜禽體內有殘留現象，并且當殘留量達到一定水平后就不會繼續在植物內累積，且在停止飼喂含抗生素類飼料一段時間后，便可由動物機體本身代謝排出，通過糞便進入環境。我國的研究也已經證實有機肥中存在POPs（持久性有機污染物），如多環芳烴、有機氯類等。但對其危害目前尚無人深入研究。
2.有機肥利用狀況
我們有利用有機肥自農耕時代就開始了。早在3000多年前的春秋時期，我國的農民就開始應用有機肥。到了漢代，已有有機肥10多種，并開始應用種肥、基肥、追肥等不同的施肥技術。南宋陳敷的農書云：“若能時加新沃之土壤，以糞治之，則益精熟肥美，其力當常新壯矣”。這種地力常新的理論，指導著我國農民在幾千年的農耕中，努力開拓有機肥來源，農民大量使用有機肥料，一方面保護了土壤肥力，做到了土地肥力長盛不衰，另一方面形成了無廢物污染物排放的農業循環經濟，保護了農村環境的安全。到了清代，據楊雙山的“知本提綱”，我國已有有機肥10大類100多種。直到近代，因為引進化肥，有機肥才逐步讓出了獨占鰲頭的地位。但在上個世紀50-60年代，有機肥仍占有主要地位。據農業部的數據，有機肥在肥料總投入量中的比例為：1949年99.9%，1957年91.0%，1965年80.7％，1975年66.4％，1980年47.1％，1985年43.7%，1990年37.4%。據李家康的研究，這一比例在1995年降至32.1%，2000年繼續降至30.6%。再據《2004年中國環境狀況公報》公布的數字，2003年全國有機肥施用量僅占肥料施用總量的25%。總之，我國施用有機肥的比例形勢嚴峻不容樂觀。
我國農業科技人員認為，有機肥以占50%左右的比例為適當比例，高產田可以低一些，化肥與有機肥的比例約為60：40，而低產田還應更高一些，化肥與有機肥的比例約為40：60。由此可見，目前有機肥的施用比例是很不恰當的。
從有機肥的基本資源量來看，畜禽糞便和秸稈是*主要的有機肥資源，其養分含量約占有機肥養分總量的90%，而且數量一直在迅速增長，其他種類的有機肥資源量或利用量則在下降，如綠肥、河湖淤泥、熏土、生活垃圾與污水、海肥等。這些有機肥料除綠肥在一些地方還起著重要作用外，其他的肥料已不再是有機肥的主要種類。所以，畜禽糞便與秸稈的有效利用是*主要的任務。
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