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 分解作用

    把土壤中一些難于被作物吸收利用的物質分解轉化為能被作物吸收利用的有效養分。解磷細菌將作物不能利用或利用率低的有機態磷和無機態磷酸鹽轉化為作物可以吸收利用的形態，解鉀細菌(硫酸鹽細菌)不僅能分解土壤中鉀長石和云母等礦物，還能促使土壤中難溶性的磷酸鹽轉化為作物可以利用的形態

 促生作用

    土壤中施入微生物肥料后，不僅增加了土壤中的養分含量，而且促進了各種維生素、酶及其他育利于作物生長物質的合成，刺激作物的生長，協助作物吸收營養!如放線菌能嚴生4種激素類物質，可以打破馬鈴薯塊莖的休眠，進各種作物的生根、發芽、分類，增加葉綠素的含量，提高酶的活性，并能使很多作物提前成熟。在力作物生長提供養分的同時，微生物在其發酵生產過程中，以及在土壤內的生命活動中會產生如赤霉素、吲哚乙酸和激動素等植物生長刺激素、細胞分裂素和維生素等生物活性物質，這些物質可刺激作物根系發達，加強吸收礦質營養和水分的能力，增加作物內源激素，從而促進植物生長，調節作物的發育性狀。