（一）減少或延緩土壤污染
土壤污染主要指土壤中農藥的殘留量和重金屬等的污染。 土壤有機質對農藥等有機污染物有強烈的親和力，對有機污染物在土壤中的殘留、遷移以及生物活性和生物降解等方面均有重要影響。土壤有機質轉化形成的腐殖質，對農藥的固定作用比較明顯。一船認為，極性有機污染物可以通過離子交換、質子化、氫鍵等機理與土壤有機質結合；對于非極性有機污染物可以通過分隔(partitionin8)機理與之結合；可溶性腐殖質能增強農藥從土壤向地下水的遷移，富里酸有較低的分子質量和較高酸度，比胡敏酸更可溶，能更有效地遷移農藥和其他有機物質。腐殖質還能作為還原劑而改變農藥的結構。一些有毒有機化合物與腐殖質結合后，其毒性降低或消失。胡敏酸可使殘留在土壤中的某些農藥，如DDT、三氯雜苯等溶解度增大，加速其淋出土體，減少對植物污染的可能性；腐殖質也可吸附某些農藥，降低其活性。
土壤腐殖質含有多種功能團，對重金屬離子有較強的絡合和富集能力。土壤腐殖酸與重金屬離子絡合形成絡合物，在土壤中遷移性加強，從而可將污染物淋出土體。此外，土壤腐殖酸通過對金屬離子的吸附和還原作用，也能降低其重金屬的毒害作用。
(二）加速土壤物質的轉化
土壤有機質分解過程中產生大量的有機酸(腐殖質本身也是有機酸)和無機酸，對土壤礦物部分有一定的溶解能力．有利于礦物風化和土壤顆粒的進一步細化，同時促進土壤養分的轉化和植物對養分的吸收，加速植物生長。
(三)土壤有機質對土壤微生物的有益作用
土壤有機質分解產生的養分不僅供應植物吸收所需，而且也是土壤微生物生命活動所需養分的源泉；土壤有機質分解產生的二氧化碳，為土壤微生物提供了充足的能源；土壤腐殖質改善了土壤物理性質和化學性質，營造了良好的土壤環境．有利于土壤微生物種類增加，數量增多，生命活力增強。
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