改善土壤物理性質，增強透水透氣性
土壤良好的物理性狀是保證植物生長和維持土壤質量的重要因素。土壤團粒結構、容重和孔隙度是土壤物理性質的重要組成部分，影響著土壤水、氣、熱的流通與貯存。隨設施栽培年限的延長，土壤團聚體穩定性降低，大粒級團聚體百分含量減少，通氣孔隙度降低，土壤板結，透水、透氣性變差。相關研究表明，施用生物有機肥能有效改善土壤的物理性質,提高土壤通透性和保水保肥能力。研究了不同水平生物有機肥對木薯地土壤的改良作用，結果表明，施用生物有機肥降低了木薯地土壤容重，增加了土壤孔隙度和田間持水量，土壤水分狀況與通氣狀況明顯好轉，有利于促進木薯塊根發育、膨大。應用多功能木霉菌肥處理連作黃瓜土壤，與對照相比，土壤容重降低9.9%，土壤孔隙度提高10.3%，說明多功能木霉菌肥對改善連作土壤的物理性質具有重要作用。將含有枯草芽孢桿菌、白地霉菌的生物有機肥施入菜地中，研究其對菜地土壤理化性質的影響，結果表明，生物有機肥能有效改善土壤的容重、比重和總孔隙度等物理性質，土壤緩沖能力和保持水土能力增強。
生物有機肥提高土壤物理性質的作用機制可能與有機質含量的增加有關。多項研究證實,有機質在改善土壤團粒結構,提高土壤穩定性方面發揮了重要作用。隨著有機質含量的增加，土壤團聚體的穩定性顯著提高，粘粒的分散性顯著降低。生物有機肥本身就含有豐富的有機質，并且生物有機肥施入土壤后還能進一步提高土壤中的有機質含量。有機質經微生物分解形成新的腐殖酸類膠體物質，它與植物根系、土壤粘土及鈣離子通過物理和化學作用膠結，形成有機-無機復合體，促進了土壤中水穩性團粒結構的形成，從而可以協調土壤水、肥、氣、熱等矛盾，使土壤疏松，耕性變好。
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