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 長期施用化肥會導致土壤物理性質和化學性質變壞，造成土壤板結，通氣性和透水性降低，對養分的吸附性降低，從而影響植物對土壤養分的吸收。一般來說，施用有機肥會影響水稻直鏈淀粉含量及蛋白質含量，從而影響水稻食味。

食味品質是數量性狀，遺傳機理較為復雜，影響食味品質的因素很多。稻米食味品質主要受稻米中直鏈淀粉含量和蛋白質含量的影響，過高的蛋白質含量往往使稻米食味變差，這是由于填塞在淀粉顆粒間的蛋白質對淀粉粒的糊化和膨脹起了抑制作用，導致米粒結構緊密，淀粉粒之間的空隙小，吸水速度變慢，吸水量少，因此大米蒸煮時間變長，淀粉不能充分糊化，米飯黏度降低，較松散，硬度大，使口感變差。

黑龍江省水稻食味值與碾磨品質、粒寬、堊白性狀和蛋白質含量有負相關的趨勢，而與粒長、長寬比、直鏈淀粉含量和膠稠度有正相關的趨勢，并認為北方粳稻將直鏈淀粉含量控制在17%以下，蛋白質含量降低到7%以下，可能比較容易獲得較好的食味品質。