土壤方面
由于柑橘生長量大、產量相對較高，同時又是多年固定在一處生長，故而根際環境的優劣對其影響很大。
微生物菌肥所提供的有益菌能有效改善果樹根際土壤環境：施用微生物菌肥后，果園土壤容重變小，土壤孔隙度增大，土壤透氣性得到改善；有機質含量明顯提高，土壤供氮和供磷能力增強，土壤酸堿性得到改善，有利于土壤中養分的釋放；土壤中有益微生物的種類和含量增加，改善了土壤中微生物群落的菌落結構，減少病原菌對柑橘的危害。
果實方面
微生物菌肥可以提高柑橘坐果率，提升果實的品質，如：從內在品質看，可以提高果實的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香氣品質；從外在品質看，提高了果實著色度和硬度，果形大小較勻稱。
微生物菌肥還可以有效增加果實的單果重并顯著提高單位面積產量，說明微生物菌肥有效保證了營養的持續供應，促進了植株光合作用和碳水化合物的合成。
生長方面
微生物菌肥可有效促進柑橘的生長發育，促進土壤表層根系的發生與生長，促進根系對各種礦質元素的吸收，在提高化肥利用率、降低化肥使用量和減少環境污染的同時，對果樹的健康和可持續生產起著關鍵作用。
病蟲害方面
微生物菌肥可以抑制土壤中的真菌和線蟲及柑橘根部病蟲害，提高植株免疫力和抵抗力，在很大程度上緩解柑橘的黃化及黃龍病。
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