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 1　改善根際礦質元素有效性，促進養分吸收

微生物菌劑形成的菌根能夠提高植物對根際礦質元素的吸收，改善植物的營養狀況，促進作物生長。基質中添加微生物菌劑后，一些有益微生物可改善基質物理性狀，提高基質酶活性，增加微生物數量和腐殖質含量，從而提高基質肥力水平。

2　調節根際次生代謝物質產生，促進植株生長

微生物菌劑作用于植物可以產生一些生長調節物質，保證植物正常的生長發育。此外，一些有益根際微生物的大量繁殖，還能產生有益于作物生長的次生代謝產物，均能使植物根際周圍有機物質含量增加，從而不同程度地調節植物生長，增加作物產量，并提高產品品質。

3　提高根際微生物定殖能力，增強對病蟲害抗性

微生物菌劑能夠誘導或激活有益微生物在植物根際或植物體內定殖的能力，抑制植物病原菌和根際有害微生物及促進植物生長，從而增加作物產量。具體因素：一是營養與位點競爭，微生物菌劑通過誘導根際有益微生物的快速定殖和大量繁殖，占據較多營養和侵染位點，降低有害病原菌的定殖入侵；二是拮抗作用，即微生物能夠產生一種或者多種拮抗物質來抑制病原菌的生長或者直接殺死病原菌的作用；三是誘導系統抗性，微生物菌劑可通過誘導植物對細菌、真菌和病毒引起的病害乃至對昆蟲和線蟲為害的系統抗性，從而提高植物整體的抗病能力。