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 生物有機肥按所含微生物種類和功能不同大致分為：(1)單一功能生物有機肥。主要包括：根瘤菌肥、固氮菌肥、溶磷菌肥、解鉀菌肥、硅酸鹽細菌肥等，將其應用在農業生產中可獲得特定的肥料效應，提高土壤供肥能力。例如，固氮菌肥能夠將空氣中呈分子態的氮轉化成可供作物吸收利用的銨態氮；溶磷、解鉀菌肥能將土壤中含磷、鉀的難溶性化合物轉化成有效磷、速效鉀直接被作物吸收利用。(2)具有抗病作用的生物有機肥。此類生物有機肥是在功能性微生物菌劑，如解鉀菌、溶磷菌和固氮菌的基礎上再次加入生防菌發酵或與其結合使用研制而成。所含生防菌劑通過占據植株根部空間位置或拮抗作用抑制植物根際病原菌繁殖，因此具有提高植株抗性，減輕病害發生的特點。(3)多功能生物有機肥，即添加兩種或兩種以上的功能性微生物所制得的生物有機肥料。與單一功能生物有機肥相比，具有功能更全面的特點。

生物有機肥綜合了有機肥和微生物肥料的優點，它既有有機肥肥效長久、營養全面、有機質豐富的特點，又含有功能性有益微生物，在改善土壤理化性質，調控土壤微生物群落結構,提高土壤更新或恢復能力,減少土傳病害等方面發揮了重要作用。