生物肥料合理施用的原則是：一，要保證菌肥有足夠數量的有效微生物；第二，要創造適合于有益微生物生長的環境條件。
生物肥料必須選用質量合格的，質量低劣、過期的不能施用。菌肥必須保存在低溫（適應溫度4-10℃）、陰涼、通風、避光處、以免失效。
為盡量減少微生物死亡，施用過程中應避免陽光直射；拌種時加水要適量，使種子完全吸附。拌種后要及時播種、覆土，且不可與農藥、化肥混合施用。
一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，要配合施用石灰、草木灰等。以加強微生物的活動。
微生物生長需要足夠的水分，但水分過多又會造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動。必須注意及時排灌，以保持土壤中適量的水分。
生物肥料中的微生物大多是好氣性的。如根瘤菌、自生固氮菌、磷細菌等。施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。
微生物活動需要消耗能量。有機質是微生物的主要能源，有機質分解還能供應微生物養分。施用生物肥料時必須配合施用有機肥料。
必須供應充足的氮磷鉀及微量元素作營養。例如豆科作物生長的早期，必須供應適量的氮素，以促進作物生長和根瘤的發育，提高固氮量；施磷肥能發揮“以磷增氮”的作用；適量的鉀鈣營養有利于微生物的大量繁殖；鉬是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，鉬肥與根瘤菌肥配合施用，可明顯提高固氮效率。
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