扁桃和其他果樹一樣，為了保持正常的生長發育，必須不斷的從土壤中吸取各種養分。又因為它是多年生果樹，一旦定植，就要固定在一處完成一生。因此，及時補充適量的養分，才能滿足樹體生長發育的需要，才能得到豐產、優質的回報。正確掌握施肥時間是科學施肥的一個重要方面，而合適的施肥時期應根據肥料的種類和性質、扁桃幼樹的發育特點及其需肥程度等而定。
 
基肥又稱底肥，能夠在較長時間內供給樹體生長發育（特別是旺盛生長時期）所需要的養分，并具有全面改良土壤性質的作用。基肥以持效性有機肥為主，如廄肥、堆肥等。基肥的實際用量為全年施肥總量的60%-70%。
研究表明，基肥以9月初施用效果較好。因為這時扁桃根系處于第2次生長高峰期，根的吸收能力強，秋施基肥能有充足的時間使肥料腐熟，并可供扁桃樹在休眠前吸收利用。秋施基肥翻動土壤時會將根系切斷，其相當于根系的修剪，可促進根系的生長，增加樹體的營養儲備，有利于花芽充實，增強抗寒越冬能力，而且對翌年的開花、坐果也有良好作用。
追肥作為基肥的一種補充，在樹體生長期進行。以追施速效性肥料為主，如硫酸銨、尿素、碳酸氫銨或復合肥等。追肥時間根據扁桃各生長發育階段的需要而定，一般可分3次追肥。分別為花前肥、穩果肥和壯果肥。
目前生產上常用的施肥方法有環狀溝施肥、條狀溝施肥、放射溝施肥等方法。
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