水果玉米在不同生育期對養分的需求也不一樣，苗期由于植株小，生長慢，對養分吸收量小，水果玉米苗期需肥占全生育期肥量的20%；拔節孕穗到抽穗開花期期，水果玉米生長速度迅速加快，營養生長與生殖生長齊頭并進，吸收占全生育期的80%。開花授粉以后，吸收量下降，此階段占總需肥量的13%。
水果玉米基肥以有機肥為主，化肥為輔，基肥中要重視磷鉀肥。施用種肥可以壯苗；若土壤肥力低，基肥不夠或者沒用基肥的方法，施用種肥效果明顯，使用時采取條施或者穴施，注意要與種子隔開或者與土混合，防止燒苗。氮、磷、鉀合理施肥是保證水果玉米產量的前提。
水果玉米在碳酸鹽黑鈣土或碳酸鹽草甸土上種植時，在土壤有效鋅低于0.00005∽0.0001%時應施用硫酸鋅。 水果玉米的施肥，應根據需肥量、土壤養分供給量、肥料利用率以及計劃產量等指標來確定。一般每公頃施優質有機肥肥3-4萬公斤，磷酸二銨150-200公斤，尿素150-225公斤，硫酸鉀50-75公斤，硫酸鋅7.5-15公斤。其中尿素的30%做底肥，70%在玉米6-7葉期追肥。
早施苗肥，水果玉米區盡量搶墑直播，一般情況不施基肥，所以要早施苗肥。②、適施穗肥，穗肥多在大喇叭口期追肥。不論地塊肥力如何，水果玉米的田塊穗肥的增產效果顯著。追肥要深施，深施肥效長且穩定，促進根系深扎，擴大吸收面積，利于增產。
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