有機枸杞生產過程中嚴禁使用任何人工合成的化肥、生長調節劑，只能依靠使用足夠數量的有機肥以維持和提高土壤的肥力、營養平衡和土壤生物的活性。
增施腐熟有機肥 施用腐熟有機肥的重要效果是改良土壤，增加土壤的有機質和提高鹽基離子的代換量，從而增加土壤保肥力。腐熟有機肥還可以向枸杞提供較為齊全的營養元素。
客土改良、調節土質 黏重土壤土質硬，保水保肥效果好，但是土性涼，通氣性差；沙質土壤土質疏松，透氣性強，但保水、保肥性差。針對不同土壤特點，采取客土方法，黏沙相摻，取長補短，將原來枸杞園過沙或者過黏的土壤調劑成黏沙適宜的土壤，能有效的協調耕層土壤的水、肥、氣、熱狀況。沙土摻黏，增施優良黏土礦物還可以提高土壤的陽離子代換量，從而提高土壤的保肥力。
利用行間進行作物間種、套種 有機枸杞生產套種就是充分利用有機枸杞行間空地，按照一定的株行距和占地的寬窄比例，種植一種或兩種以上的作物，既可達到間作套種的經濟效益，同時又可培肥地力、改良土壤，利于有機枸杞的持續增產，是用養結合培肥土壤的有效途徑。不同作物殘留的莖葉、根系以及根系分泌物對土壤物質的積累和分解的影響不同，不同作物的根際微生物對土壤養分、水分的要求不同，其根系深度、利用養分、水分的層次也有差別。
因土施肥、調節土壤養分 沙質土壤有機質含量少、保肥能力差、養分缺乏，枸杞生長后期容易缺肥，應該增施有機肥料，黏質土壤保肥能力強，養分轉化慢，宜用熱性的有機肥料作為基肥。近陽面應施豬糞、牛糞等涼性有機肥、陰面地宜用騾馬糞等熱性肥料。新開墾的生荒地，應該多施有機肥，同時裴舍施用速效性礦物質肥料。
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