菌肥中的菌種只有經過大量繁殖，在土壤中形成規模后才能有效體現出菌肥的功能，為了讓菌種盡快繁殖，就要給其提供合適的環境條件。
3.1 調控好地溫
一般菌肥中的生物菌在土壤18～25℃時生命活動為活躍，15℃以下時生命活動開始降低，10℃以下時活動能力已很微弱，甚至處于休眠狀態。因此，冬季大棚蔬菜施入菌肥后，調控好地溫至關重要。而在冬季要想保持較高的地溫，首先要控制好大棚內的氣溫，以氣溫促地溫回升。一般棚內氣溫白天應保持在25～30℃為宜，夜間棚內溫度低，為避免地溫散失，維持地溫恒定，除了采取地膜覆蓋外，在操作行內覆蓋作物秸稈也不失為一種好辦法。
3.2 調控好土壤的濕度
微生物生長需要足夠的水分，但水分過多又會造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動，因此必須注意及時排灌，以保持土壤中適量的水分。冬季大棚蔬菜澆水應選在晴天上午進行，因這段時間內澆水有利于地溫的恢復和棚內濕氣的排除。澆水時要注意澆小水，切忌大水漫灌。
3.3 保持良好的土壤通氣性
生物菌肥中的微生物大多是好氣性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細菌等。因此，施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。
3.4 適宜的土壤PH值
一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，如硅酸鹽細菌需要在PH7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加強微生物的活動。
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